- Abra ou crie o arquivo /etc/apt/apt.conf.
- inclua Acquire::http::Proxy "http://nome_de_usuario@dominio:ENDERECO_DO_PROXY:PORTA"; no arquivo, salve e feche
- agora o apt-get update já deve funcionar
(http://ndvo.blog.br/pt-br/gnulinux/configurar-o-proxy-para-o-apt-no-ubuntu-server/)